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L3 BMCP Bioch Statistiques pour la Biologie : Plan du cours

L3 BMCP Bioch
 
Statistiques pour la Biologie
Fiches de soutien au cours

 

 

 

 

Les fiches correspondantes du manuel sont indiquées sur ce lien.

 


Cours 1 - Mardi 4 septembre 14h - 16h

Présentation de l'UE, objectifs, contenu, fonctionnement, examens

 

Partie 1 - Méthodologie

 

     1.1 Place des statistiques dans une recherche scientifique - Fiche 1

     Montrer la nécessité des statistiques dans la recherche et leur utilité hors recherche ; montrer qu'il est nécessaire de penser "statistiques" dès la conception de l'expérience

              - Départ en voyage
              - Déroulement d'une recherche
              - A quelles étapes les statistiques sont-elles utiles ?

 

     1.2 Expérimentation et enquête - Fiches 2 et 7

      Sensibiliser aux points forts et faibles respectifs de l'expérimentation et de l'enquête

 

TD : recueil de données

 

     1.3 Notion d'échantillonnage - Fiche 12

 

    

Cours 2 - Mercredi 12 septembre 16h15 - 18h15

 

1.4 Typologie des variables en fonction de la quantité d'information véhiculée - Fiche 8 et Bonus Web - Complément fiches 3 et 8

     En plus de présenter les différents types de variables, cette partie permet de montrer l'importance de concevoir son expérimentation en pensant aux statistiques

 

1.5 Statut des variables dans l'expérimentation et dans l'enquête - Fiche 3 et Bonus Web ; cf. lien ci-dessus.
           Intérêt de cette typologie et de la connaissance des statuts

         Le choix des variables indépendante et dépendante dépend de la question posée

 

1.6 Les facteurs et le contrôle de leurs effets - Fiche 10

       Opérationnalisation des facteurs en modalités

       Variables dont il faut contrôler l'effet

 

 Cours 3 - Jeudi 13 septembre 14h - 16h

 

1.7 De l'hypothèse théorique à l'hypothèse statistique - Fiche 4

     Cette partie permet de former à la démarche scientifique et d'introduire les concepts d'hypothèses forte et faible qui se traduiront par les hypothèses uni-et bi-latérales

       Hypothèses, hypothèses fortes, hypothèses faibles
       Les types d'hypothèses lors d'une recherche

 

1.8 La logique des tests statistiques - Fiche 17

    Tester l'hypothèse H0 qui est contraire à l'hypothèse théorique afin de savoir si H0 doit être rejetée. Hypothèse nulle et hypothèse alternative

 

1.9 Méthodes de ré-échantillonnage - Fiche 18

    

Partie 2 - Le t de Student

2.1 Introduction au t de Student : calcul de la moyenne et de la variance, explication du t - Fiches 19, 14, 15, 16

   La question que l'on se pose
   Approche intuitive du t de Student
                  - Moyenne d'un échantillon et moyenne d'une population
           Estimation de la variabilité

                  - Un indice de variabilité intuitif mais non utilisé : la moyenne des écarts à la moyenne
                  -
La variance

                  - L'écart type

                  - Variance de la population

                  - Ecart type de la population

 

Cours 4 - Mercredi 19 septembre 15h35 - 17h35

 

Pdf projeté en cours téléchargeable ici

 

           Un trait de lumière sur le t de Student

 

2.2 Conditions d'utilisation; correction de Welch - Fiche 59 Point 1


2.3 Tests uni- et bilatéraux - Fiche 21

 

2.4 Rédaction de résultats suite à un t de Student - Fiche 59 Point 2

                  - Les données du problème
                  - Cas des calculs faits par un logiciel

2.5 Echantillons indépendants et appariés - Fiche 22 et 60

            Le t de Student pour échantillons appariés 

 

Cours 5 - Mardi 25 septembre 16h15 - 18h15

 

 Pdf projeté en cours téléchargeable ici  ; attention ! La p-value de l'ANOVA sur DoseMedic1 (celle qui était significative) a été légèrement modifiée.

En voulant recalculer les moyennes, j'ai écrasé le fichier Innocent et j'ai du créer de nouvelles données... mais les moyennes vont dans le même sens.

 

Partie 3 - L'analyse de variance à 1 facteur

         3.1 Intérêt et principe de l'analyse de variance à 1 facteur - Fiche 27

 

         3.2 Comparaison ANOVA vs Student

                   - Avantages et inconvénients respectifs

                   - Comparaison des résultats

 

         3.3 Déroulement d'une ANOVA à 1 facteur - Fiche 61 Point 1

         3.4 Les tests post-hoc - Fiches 61 Point 2, 62 (et 63 ?)

 

         3.5 Analyse et rédaction des résultats d'une ANOVA à 1 facteur - Fiche 61 Point 3
             - Exemple

 

 

Partie 4 - L'analyse de variance à 2 facteurs; ANOVA en mesures répétées

          4.1 Hypothèse d'interaction statistique - Fiches 5 et 6

              Notion d'interaction statistique entre deux variables

          4.2 Les étapes d'une ANOVA à 2 facteurs - Fiche 66
          4.3 Interprétation et rédaction de résultats d'une ANOVA à 2 facteurs - Fiche 66

            - ANOVA à 2 facteurs : exemple
            -
Différentes formes de résultats (significations des FPS1, FPS2 et interaction)

          4.4 ANOVA en mesures répétées - Fiche 64

             - ANOVA à 2 facteurs dont 1 en mesures répétées : exemple

          4.5 Analyse de la variance - Fiche 29 Point 4

          4.6 ANOVA à 3 facteurs - Fiche 6 point 3

Pdf n°1 du cours (ANOVA à 2 facteurs)

 

Travaux dirigés n°1


Cours 6 - Lundi 15 octobre 8h - 10h (Tests non paramétriques)

 

- Cf. Moodle

 

- X²

 


Cours 7 - xxxxxxxx     novembre
10h15 - 12h15 (Corrélations régressions)

 

   7.1 Relation positive ou négative : la covariance

   7.2 Le coefficient de corrélation de Pearson

 

               - Mesurer la relation : la corrélation (explication des formules)

               - La corrélation sous un autre angle, et application

 

   7.3 Les coefficients de corrélation non-paramétriques

 

               - Coefficient de corrélation de Spearman

 

               - Tau de Kendall

 

   7.4 Régression linéaire simple


 

   8.1  Quel test choisir ? Compléments, révisions...

 

 

****** La suite sera réactualisée en temps utiles ******

 

 
Cours 10 - xxxxxxxxx  novembre
8h - 10h (Exam CC)

 

 

 

pdf utilisé en cours : Corrélation, MANOVA, ANCOVA, Choix de test

pdf utilisé en cours : ANOVA à 2 facteurs (interaction)

 

 

Partie 7 - Choisir son test statistique

          Clé 1 Student

          Clé 2 ANOVA à 1 facteur

          Clé 3 Tests non paramétriques

 

 

TD1 Student (X. Noguès) : Préparer leexercices 1, 2 et 4 du TD Student (mis en ligne le 8 septembre 2015)

=> Corrigé TD1 Student (NB:  Il s'agit du bon corrigé, même si c'est marqué TD 4 en première page !)

 

      - TD5 ANOVA (X. Noguès : cf instructions sur le pdf).

=> Corrigé TD5 ANOVA

  

 

Corrigé exam 1ère session

 



17/11/2014
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