NeuropsychoJolly (roger)

Reality show 2009

L'objectif d'un cours de stats n'est pas de savoir faire des exercices mais de résoudre des problèmes qui se posent dans le monde de la recherche. Ainsi, l'aspect statistique du problème posé ici est globalement conforme à un problème qui m'a réellement été posé par un chercheur. Afin de préserver le secret professionnel, le sujet (qui n'avait d'ailleurs ici rien à voir avec le cerveau) et les donnés ont été réinventés.

Un chercheur qui veut tester l'hypothèse d'une dissociation fonctionnelle entre les régions médio-dorsale et dorso-latérale du striatum a prélevé les cerveaux de 12 rats. Six ont effectué une tâche, les 6 autres sont passés dans une condition témoin. Une fois fixés, les cerveaux sont coupés au microtome, et les coupes sont déposées sur lames. Un marquage de la cytochrome oxydase (COx) est ensuite effectué. Des mesures de densité optique (DO) sont faites dans deux zones du striatum dorso-latéral et dans une zone du striatum médio-dorsal). Les zones mesurées ont une surface maximale de 8000 pixels. Ainsi, chaque pixel est caractérisé par une valeur qui peut varier de 0 (noir = saturation de COx) à 255 (blanc = pas de COx). La quantification se faisant de façon semi-automatique, le logiciel donne des distributions de fréquences des DO pour chaque zone mesurée.

Exemple de résultat sortant du logiciel pour un cerveau de rat "témoin"
(Figures 1 et 2 = striatum dorso-latéral et 3 = striatum médio-dorsal)




Exemple pour un cerveau de rat "expérimental"
(Figures 1 et 2 = striatum dorso-latéral et 3 = striatum médio-dorsal)




D'un cerveau à l'autre on observe une certaine variabilité du marquage qui est peut-être due à des différences d'épaisseur de coupe, peut être à des différences de qualité de la fixation ou à des différences d'homogénéité des réactifs utilisés lors du marquage. De même on observe des variations d'intensité de marquage entre les coupes d'un même cerveau, ce qui peut être du à la localisation de la coupe (sur l'axe antéro-postérieur), ou bien à des variations de l'épaisseur des coupes. Pour tenter de contrôler ce phénomène, on prélève 3 à 5 coupes par cerveau. Enfin, bien que les zones "trouées" ou "grumeau" soient exclues avant de commencer les mesures, on observe également des variations d'intensité du marquage sur une même région cérébrale, variations probablement dues à une hétérogénéité de l'épaisseur de la coupe.

Comment traiteriez-vous ces données pour tester l'hypothèse en fonction des résultats que l'on peut obtenir ?



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27/01/2009
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